Saša Malkov @ Matf

Univerzitet u Beogradu

Matematički fakultet

Katedra za računarstvo i informatiku

Grupa za bioinformatiku

Grupa za programske jezike i alate

english

• Ukratko
• Novosti
• Nastava
• Wafl
• Razno

Radovi u časopisima

1. David K. Halladin, Fabian E. Ortega, Katharine M. Ng, Matthew J. Footer, Nenad S. Mitić, Saša N. Malkov, Ajay Gopinathan, Kerwyn Casey Huang, Julie A. Theriot
   Entropy-driven translocation of disordered proteins through the Gram-positive bacterial cell wall Nature Microbiology, 2021, 6, 1055-1065
   DOI: 10.1038/s41564-021-00942-8
2. Jelica Milošević, Lidija Vrhovac, Filip Đurković, Brankica Janković, Saša Malkov, Jurij Lah and Natalija Đ. Polović
   Isolation, identification, and stability of Ficin 1c isoform from fig latex New J. Chem., 2020, 44, 15716-15723
   DOI: 10.1039/D0NJ02938F
3. M.Banković, V.Filipović, J.Graovac, J.Hadži-Purić, A.R.Hurson, A.Kartelj, J.Kovačević, N.Korolija, M.Kotlar, N.B.Krdžavac, F.Marić, S.Malkov, V.Milutinović, N.Mitić, S.Mišković, M.Nikolić, G.Pavlović-Lažetić, D.Simić, S.Stojanović Djurdjević, S.Vujičić Stanković, M.Vujošević Janičić, M.Živković
   Teaching graduate students how to review research articles and respond to reviewer comments,
   Advances in Computers, 2020, vol.116/1, pp.1-63
   DOI: 10.1016/bs.adcom.2019.07.001
4. N.Mitić, S.Malkov, J.Kovačević, G.Pavlović-Lažetić, M.Beljanski
   Structural disorder of plasmid-encoded proteins in Bacteria and Archaea,
   BMC Bioinformatics 2018, 19:158
   DOI: 10.1186/s12859-018-2158-6
5. T.Naumović, V.Lakić, A.Jovićević, D.Ilić, P.Milošević, V.Stević-Gajić, A.Antonijević, N.Milovanović, I.Magdić, R.Korićanac, S.Malkov, I.Grkavac, M.Mihajlović, S.Đuričić, B.Živković, U.Stegić, Z.Milovanović, D.Oprić, M.Knezević, V.Jovanović, Z.Todorović, D.Todorović:
   New software for collecting data from the organized cervical cancer screening program in Serbia. Are we on the threshold of a new screening registry? - A multicentric study.,
   Journal of BUON, 2017, vol.22/1, pp.58-63
   ISSN: 11070625
6. B.Šandrih, V.Filipović, A.Kartelj, S.Malkov:
   Distributed Computing Among Independent Web Browsers Applied to Text and Image Processing,
   Review of NCD, Vol.31, 30-39, Belgrade, 2017.
7. N.Pejović, S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
   Serbian and International Honors Awarded to Milutin Milanković,
   Review of NCD, 2016, No.28, 79-86, ISSN 1820-0109
8. A.D.Simonović, B.K.Filipović, M.M.Trifunović, S.N.Malkov, V.P.Milinković, S.B.Jevremović, A.R.Subotić:
   Plant regeneration in leaf culture of Centaurium erythraea Rafn. Part 2: the role of arabinogalactan proteins,
   Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 2015
   DOI: 10.1007/s11240-015-0741-3
9. N.Pejović, S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
   Scientific papers of Milutin Milanković in his Digital Legacy,
   Review of NCD, 2015, No.26, 69-76, ISSN 1820-0109
10. G. Janjić, S. Malkov, M. Živković, S. Zarić:
    What are preferred water/aromatic interactions in proteins and crystal structures of small molecules?,
    Physical Chemistry Chemical Physics, 2014, 16, 23549-23553
    DOI: 10.1039/C4CP00929K
11. D.B.Ninković, J.M.Andrić, S.Malkov, S.Zarić:
    What are the preferred horizontal displacements of aromatic–aromatic interactions in proteins? Comparison with the calculated benzene–benzene potential energy surface,
    Physical Chemistry Chemical Physics, 2014, 16, 11173-11177
    DOI: 10.1039/C3CP54474E
12. N.Vukša Popović, Ž.Mijajlović, N.Mitić, S.Malkov:
    Digital Archive Repository for Digital Legacies,
    Review of NCD, 2014, No.24, 24-28, ISSN 1820-0109
13. Ž.Mijajlović, N.Mitić, S.Malkov:
    Digital Legacies,
    Review of NCD, 2013, No.22, 148-152, ISSN 1820-0109
14. G.Pavlović-Lažetić, N.Mitić, J.Kovačević, Z.Obradović, S.Malkov, M.Beljanski
    Bioinformatics analysis of disordered proteins in prokaryotes,
    BMC Bioinformatics 2011, 12:66
    DOI: 10.1186/1471-2105-12-66
15. S.Životić, S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
    A Cultural Heritage Register Prototype,
    Review of NCD, 2010, No.17, 1:8, ISSN 1820-0109
16. S.Malkov
    Customizing a Functional Programming Language for Web Development,
    Computer Languages, Systems & Structures, 2010, 36(4):345-351
    DOI: 10.1016/j.cl.2010.04.001
17. S.Malkov, M.Živkovic, M.Beljanski, S.Stojanović, S.Zarić:
    Reexamination of Correlations of Amino Acids with Particular Secondary Structures,
    The Protein Journal, 2009, 28(2):74-86
    DOI: 10.1007/s10930-009-9166-3
18. S.Malkov
    On Photograph Library Design – Groman Library,
    Review of NCD, 2008, No.13, ISSN 1820-0109
19. S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
    Nikola Tesla Online Clipping Library Prototype,
    Review of NCD, 2008, No.12, ISSN 1820-0109
20. S.Malkov, M.Živkovic, M.Beljanski, M.Hall, S.Zarić:
    A reexamination of the propensities of amino acids towards a particular secondary structure: classification of amino acids based on their chemical structure,
    Journal of Molecular Modeling, 2008, 14(8):769-775
    DOI: 10.1007/s00894-008-0313-0
21. M.Živkovic, S.Malkov, S.Zaric, M.Vujoševic-Janicic, J.Tomaševic, G.Predovic, N.Blažic, M.V.Beljanski:
    Statistical Dependence of Protein Secondary Structure on Amino Acid Bigrams,
    Chemical Industry & Chemical Engineering Quarterly, 2006, 12(1), 82
    DOI: 10.2298/CICEQ0601082Z
22. M.Vujoševic, S.Malkov, A.Jovanović:
    Computerized chromosome comparison - How much difference in homology of two chromosomes is acceptable,
    Genetika, 1998, 29(3):231-239
23. S.Malkov, A.Jovanović, M.Vujošević:
    A method for automatic comparison of G-banded chromosomes,
    1st European Cytogenetics Conference, Athens, June 22-25 1997,
    Cytogenetics and Cell Genetics, 77(1-2):61.
24. G.Obradović, S.Malkov, A.Jovanović:
    One application of FFT algorithm in image analysis,
    Mitrinović Memorial, Niš, 1996,
    Scientific Review, 1996, 21-22
25. S.Malkov, A.Jovanović, L.Č.Popović, A.Kubičela, I.Vince, J.Arsenijević:
    A software for photometric analyses of CCD images,
    Conference of International Amateur-Professional Photoelectric Photometry, Baja, Hungary, 1996,
    I.A.P.P.P. Communications Vol.67, pp.62-65.

početak strane ^

Radovi u zbornicima

1. A.Veljković, M.Maljković, N.Mitić, S.Malkov, M.Lyu, X.Lin, M.Michalewitz, G.Zhang, V.Brusić:
   Classification of Single Cell Types using Small Sets of Expressed Genes: Comparative Analysis of Supervised Machine Learning Methods,
   Proceedings - 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2021
   DOI: 10.1109/BIBM52615.2021.9669844
2. A.Uzelac, T.Štajner, M.Busarčević, A.Munjiza, M.Kostić, Č.Miljević, D.Lečić-Toševski, N.Mitić, S.Malkov, O.Đurković-Đaković:
   Gene expression in schizophrenia patients and non-schizophrenic individuals infected with Toxoplasma gondii,
   Proceedings of BELBI 2016, Beograd 20-24 June 2016, pp.142-150.
3. N.Pejović, S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
   Milutin Milankovic Digital Legacy,
   Proceedings of the IX Bulgarian-Serbian Astronomical Conference: Astroinformatics, Sofia, Bulgaria, July 2-4, 2014.
4. N.Pejović, S.Malkov, N.Mitić, Ž.Mijajlović:
   Digital legacies,
   Review of the National Center for Digitization (Proceedings of the VII International SEEDI Conference, Ljubljana, Slovenia, 17-18th May 2012.), vol 22, 148-152, 2013. ISSN: 1820-0109
5. S.Malkov, A.Jovanović, M.Vujošević:
   A method for automatic comparison of G-banded chromosomes,
   1st European Cytogenetics Conference, Athens, June 22-25 1997,
   Cytogenetics and Cell Genetics, 77(1-2):61.
6. S.Malkov, N.Mitić, G.Lazić, A.Gačević:
   SK implementation of some data types,
   LIRA'97 - VIII Conference on Logic and Computer Science, Novi Sad, 1997.
   LIRA'97 - Proceedings of VIII Conference on Logic and Computer Science, Novi Sad, 1997, pp. 139-146.
7. S.Malkov, G.Obradović, A.Jovanović:
   Algorithms for Use in Molecular Genetics,
   I Sym. on Molecular Genetics and I Sym. on Mutagene and Genotoxicologie, Zlatibor, September 1997, Book of abstracts, C7.
8. S.Malkov, G.Lazić, A.Gačević, N.Mitić:
   Implementation of optimized SK reduction machine,
   LIRA '95 - Proceedings of VII Conference on Logic and Computer Science, Novi Sad, September 26-30, 1995, pp. 91-98.
9. A.Jovanović, S.Malkov, G.Obradović, S.Kordić:
   CCD mikroskopija, astronomija i problemi akvizicije i obrade EEG signala,
   Zbornik radova: XI naučno stručni skup "XI INFO-TEH '96", Donji Milanovac, Jun 17-21, 1996, strane 215-217
10. S.Malkov, M.Vujošević, A.Jovanović:
    One Method For Automatic Chromosome Analysis And Comparison,
    12th Panhelenic Congress in Mathematics Education (Mathematics and Other Sciences),
    November 10-12, 1995, Heraclion, Crete, Greece. Proocedings 371-378.
11. L.Č.Popović, A.Kubičela, J.Arsenijević, D.Jevremović, I.Vince, S.Malkov:
    The impact of SL-9 fragments with Jupiter: the development of the G-spot,
    Proceedings of 2nd Hellenic Astronomical Conference, Thessaloniki, June 29-Jule 1, 1995 (Dec.1996), pp. 121-126.

početak strane ^

Knjige i skripta

1. S.Malkov
   Objektno orijentisano programiranje - C++ kroz primere,
   Matematički fakultet u Beogradu, 2006.
2. N.Mitić, S.Malkov, V.Nikić:
   Osnovi programiranja - Zbirka zadataka,
   Matematički fakultet u Beogradu, 2000.
3. S.Malkov:
   Vežbe iz Baze podataka,
   skripta, 1999.
4. S.Malkov:
   Vežbe iz Osnova računarskih sistema,
   skripta, 1998.
5. S.Malkov:
   Vežbe iz Osnova programiranja,
   skripta, 1998.

početak strane ^

Razvijen softver

Sledi lista najznačajnijih razvijenih (projektovanih i/ili implementiranih) softverskih rešenja, u obrnutom hronološkom redosledu:

1. Sequnomia, softver za deNovo sklapawe genomskih sekvenci, razvijen u okviru saradnje Grupe za bioinformatiku sa Institutom za biološka istraživanja "Siniša Stanković" (dr Ana Simonović) u cilju sklapanja transkriptoma kičice (Centaurium erythraea), a kasnije korišćen i u nekim drugim bioinformatičkim istraživanjima,
   Beograd, 2011-2014
   (C++,...)
   
2. VivoSight, softverska platforma za uređaj za dijagnostičko snimanje kože
   , konsultant za pitanja dizajna i upotrebe baze podataka
   Beograd, 2011-2015
   (MS SQL Server,...)
   
3. STUDINFO - Informacioni sistem fakulteta, projekat informacionog sistema i baze podataka, rukovođenje razvojem
   Beograd, 2006-
   (Java, DB2, Apache Tomcat, Eclipse, Windows, Linux)
   (Prezentacija)
4. Wafl, projekat i implementacija interpretatora za funkcionalan programski jezik Wafl, uključujući
   • Wafl virtualnu mašinu
   • modul za interpretiranje programskog jezika Wafl
   • ODBC i DB2 pogonski programi za Wafl
   • interpretator u komandnom režimu
   • modul za Veb server Apache, za Windows i Linux
   • modul za Veb server MS IIS
   • samostalan Wafl Veb server
   Beograd, 2001-
   (Windows, Linux, Apache, C++, ODBC, DB2, SQL, Wafl)
   (Tutorijal)
5. Više Veb aplikacija na programskom jeziku Wafl, uključujući:
   • Analitička geometrija, interaktivni onlajn udžbenik, jedan od rukovodilaca razvojem (http://codd.matf.bg.ac.rs/angeom)
     Beograd, 2002-
     (DB2, Wafl, HTML)
   • Groman DB, prototip elektronske biblioteke fotografija, Beograd, 2003.
     (DB2, Wafl, HTML)
   • Biblioteka novinskih isečaka Nikole Tesle, prototip biblioteke (http://virlib.matf.bg.ac.rs/tesla)
     Beograd, 2005.
     (DB2, Wafl, HTML)
   • Milutin Milanković - Digitalni legat, jedan od rukovodilaca razvojem (http://codd.matf.bg.ac.rs/milankovic)
     Beograd, 2012-
     (Wafl, HTML)
6. Paragraf Net, distribuirana zbirka propisa i drugih pravnih dokumenata. Projekat baze podataka i koncepata i algoritama replikacije i distribucije podataka. Projekat i zrazvoj klijentske aplikacije. Projekat i implementacija podsistema za redistribuciju podataka u lokalnim računarskim mrežama. Učestvovao u projektu od početka do završetka verzije 3.0.
   Beograd, 2001-2003.
   (Windows, C++)
   Projekat Paragraf Net je osvojio:
   • Veliku zlatnu medalju za kvalitet, 15. međunarodni sajam informatike, elektronike, telekomunikacija i energetike
     Novi Sad, 2003.
   • Diskobolos, najbolji projekat u oblasti elektronskog izdavaštva
     Jugoslovenski informatički savez, 2003.
   • Plaketu za izvanredna dostignuća iz informatike
     Društvo za informatiku Srbije, 2002.
   • Ušao u nominacije za Diskobolos, u oblasti elektronskog izdavaštva
     Jugoslovenski informatički savez, 2001.
7. Informacioni sistem Plato Online, projekat i implementacija informacionog sistema knjižare na Internetu Plato Online, u saradnji sa Extreme d.o.o. i Darkom Popovićem
   Beograd, 2000.
   (Windows, C++)
8. G-Band Analyst, program za analizu G traka hromozoma, razvijen na Odeljenju za genetiku Instituta za biološka istraživanja "Siniša Stanković"
   Beograd, 1994-1998.
   (Windows, C++)
9. Analyst, program za fotometrijsku analizu astronomskih CCD slika, razvijen u saradnji sa Astronomskom opservatorijom u Beogradu
   Beograd 1994-1997.
   (Windows, C++)
10. Multimedia Editor, programski paket za pripremu multimedijalnih CD ROM izdanja, izlagan na više stručnih skupova u Beogradu, koristi se u firmi DINASYS za pripremu multimedijalnih izdanja u okviru projekta Portfolio
    Beograd, 1996.
    (Windows, C++)
11. Car Tracker, program za automatsko praćenje vozila na teritoriji SRJ, razvijen u okviru projekta ARGUS za obezbeđivanje i praćenja vozila na teritoriji SRJ
    Beograd, 1995-1996.
    (Windows, C++)

početak strane ^