2002年1月、英語版と、プロジェクト全体に関わる問題を議論するためのサイトであるメタ・ウィキメディアが実験的にPHPとMySQLによるソフトウェアに移行した。これは参加者の一人Magnus Manskeによって制作されたもの。同年7月にウィキペディア専用のサーバ（コードネーム「pliny」）が導入された。これは英語版と、やや遅れてメタウィキメディアのために用いられた。ソフトウェアもリー・ダニエル・クロッカーによる全面的な書き換えを経て新しいバージョンが運用され始めた（同じくPHPとMySQLの組み合わせによるもの）。活動が盛んな他言語版も、徐々に専用サーバへ移動していくことになった。2003年1月には、TeXの数学記号が導入された。コードの作成者は参加者の一人のTaw。
