Da Wikipedia e Nupedia, nacque nel 2003 la Wikimedia Foundation, l'organizzazione non profit che sostiene Wikipedia e i progetti fratelli (il primo dei quali fu In Memoriam: September 11 Wiki) che nel tempo si sono aggiunti, ognuno dei quali è specializzato in un determinato ambito del sapere. La Wikimedia Foundation ha infatti successivamente dato vita a progetti complementari tra i quali: Wikizionario, Wikibooks, Wikisource, Wikispecies, Wikiquote, Wikinotizie, Wikiversità e Wikivoyage. Wales cedette tutti i diritti alla fondazione da lui promossa, che tuttora gestisce i marchi e l'infrastruttura informatica, garantendo che la gestione dei contenuti rimanesse affidata alla comunità degli utenti.
