Anfangs verwendete Wikipedia als Software das in Perl geschriebene UseModWiki, das den Anforderungen jedoch bald nicht mehr gewachsen war. Im Januar 2002 stellte Wikipedia auf eine vom deutschen Biologen Magnus Manske geschriebene, MySQL-basierte PHP-Applikation (Phase II) um, die speziell an die Bedürfnisse der Wikipedia angepasst war. Nachdem die Website sich über ein Jahr die Ressourcen mit dem Webangebot von Bomis geteilt hatte, zog die englischsprachige Wikipedia, später die anderen Sprachversionen, im Juli 2002 auf einen eigenen Server mit einer von Lee Daniel Crocker überarbeiteten und teils neugeschriebenen Version von Manskes Software (Phase III) um. Diese erhielt später den Namen MediaWiki.
