A partir de janeiro de 2002 (segunda fase), a Wikipédia passou a contar com um software escrito em PHP wiki, por meio de um banco de dados MySQL, feito sob medida para a Wikipédia por Magnus Manske. Nessa fase, o software foi modificado várias vezes, para acomodar a demanda exponencialmente crescente. Em julho de 2002, a Wikipédia passou a utilizar um software de terceira geração, o MediaWiki, feito e desenvolvido por Lee Daniel Crocker. Várias extensões do MediaWiki estão instaladas[144] para estender a funcionalidade deste software. Em abril de 2005, uma extensão Apache Lucene foi adicionada ao software MediaWiki em "bult-in" e o banco de dados de indexação, que até aí era MySQL, passou a ser do tipo Lucene.[145][146] Atualmente, a extensão Lucene 2.1[147] é escrita em Java e baseada na Lucene library 2.3.[148]
